水俣石飛地区には、2万数千年前の旧石器時代から、わたしたちの祖先が住んでいたことが、近年の発掘調査でわかっています。そして時代が下がる につれて、南福寺(縄文時代) 、初野、上野(弥生～古墳時代) などの低地へ移住していったことが、遺跡によって推察されます。水俣の地名が記録に現れるのは延喜式(905年～927年)で、水俣と仁王に厭家(うま や) が置かれたとあり、そのころから交通の要衝だったことがうかがわれます。

寛永11年(1634年) 細川氏領となった頃は、水俣手永として棟内、浜、長野、小津奈木、深川、葛渡、袋の7庄屋村と86の小村とからなっていましたが、明治6年棟内村列 (31ヵ村) 、浜村列(15ヵ村) の両行政区が布かれて、それぞれに戸長役場が設けられました。

明治22年市町村制の施行にともない、両列が合併、水俣村( 当時人口12,303人) が誕生、村役場が陣内に置かれました。熊本県の最南端にあって鹿児島県との境に接し、三方は失城山、大関山、矢筈岳等の山々に囲まれ、わずかに水俣川河口 に開けた平地が八代海(不知火海) に面し、遠く天草の島々を望む地勢から人情こまやかで文化的豊穣の地として蘇峰、蘆花の文豪を生み出しました。産業の面では小さな農漁村に過ぎませんでし たが、この頃から港としても大牟田、島原方面と鹿児島県大口 、山野方面(当時金山などがあった)の諸産物の集散地となり、次第に活気づいていきました。

明治41年、日本窒素肥料(株)水俣工場が設立されてからは人口も急速に増加し、工業都市として発展の緒に至りました。

昭和24年4月市制が施行され、31年9月には久木野村と合併し、人口は5万人を超え市勢は拡大の一途を歩み、同年水俣港が貿易港として指定される等、国際的展望のもとに水俣市発展の転機をむかえました。
一方、この頃から水俣病が発生し、市民は公害問題に深い関心を寄せるようになり、全市民が、これらの問題解決に努力するかたわら、明水園、湯之児病院、水俣病研究センターの建設など、健康福祉吐都市としての充実を図ってきました。

平成2年3月、水俣湾の公害防止事業が完了し、58haの埋立地が完成しました。その後、環境と健康をテーマに障がい者をはじめ、誰もが集い、憩える緑の公園として整備が進められ、｢エコパーク水俣｣という愛称で平成19年6月に完成しました。
また、平成9年には、水俣湾の安全宣言がなされ、仕切り網が撤去されました。

平成6年の水俣病犠牲者慰霊式において、市長が反省の意を表明したのをきっかけに、もやい直しが進みました。平成7年の水俣病政府解決策により、 水俣病の裁判や交渉は次の年までにほぼ終結し、水俣病問題は一応の決着をみることができたと考えられていましたが、平成16年10月の水俣病関西訴訟の最 高裁判決で、国と熊本県の行政責任が確定したことを契機に、認定申請者が急増するなど、水俣病問題が再燃しました。市民は一日も早い水俣病被害者救済を含 む、抜本的な解決と疲弊した地域の振興を望んでいます。
また一方で、水俣市は経済成長の過程で発生した水俣病の教訓をもとに、平成4年に日本で 初めて環境モデル都市づくり宣言を行いました。以後、我が国でもいち早くごみの分別･減量に取り組むとともに、水俣オリジナルの家庭版･学校版等の環境 ISO制度、環境マイスター制度、地区環境協定制度などを立ち上げ、リユース･リサイクル、省エネ･省資源、市民の森づくりによる地球温暖化防止活動や環 境保全活動に市民協働で取り組んできました。これらは、小規模な自治体ならではの多額の経費を必要としない取り組みということで、これまで国内外の多くの 自治体や環境団体のモデルとなっています。また、水俣には環境を学ぶために、多くの子どもたちが訪れてくれるようになりました。さらに、平成13年には国 のエコタウンの承認を受け、以後リサイクル関連の企業等の立地が進みました。
このような市民一人ひとりが築き上げてきた本市の環境モデル都市づ くりが高く評価され、平成20年7月には、国の環境モデル都市として認定され、ふるさと水俣の大きな誇りとなっています。平成6年5月1日の水俣病犠牲者 慰霊式において「十分な対策を取り得なかったことを誠に申し訳なく思う」と市長が反省の意を述べたのをきっかけに、もやい直し（人間関係の再構築）が進 み、平成7年水俣病被害者救済問題について、一応の決着を見ることができました。

現在、水俣病の経験を活かしながら、将来の都市像「人が行きかい、ぬくもりと活力ある～環境モデル都市みなまた～」を目指し、市民一体となってまちづくりを進めています。